Digital patologi vil kreve flere bioingeniører

- Dette er uansett framtiden, så det er bare å få digital patologi implementert så raskt som mulig, mener Martin Vejle Andersen, som er bioingeniør ved Avdeling for patologi på St. Olavs hospital i Trondheim.

På grunn av en godt over middels IT-interesse, fant han sin plass i prosjektet «Digital patologi» allerede i 2017. Han har vært en del av teamet som har satt opp skannerparken på St. Olavs hospital og nylig ble halve stillingen hans øremerket det nasjonale digital patologi-prosjektet.

Tre nye skannere

Det er munter fredagsstemning på patologilaboratoriet på St. Olavs hospital denne grå januarmorgenen. På vei inn til skannerne passerer vi arbeidsbenker med bioingeniører vaglet tett i tett ved siden av hverandre. Det snittes - det støpes - og det farges. Foreløpig er ikke så mange av dem opplært innen skanning, men flere skal det bli.

For tre nye skannere er allerede kjøpt inn – og klare til bruk: To hurtigskannere som kan ta mer enn 60 snitt i timen og som brukes til H-E-fargede snitt (H-E = Hematoxylin-Eosin), immunfargede og spesialfargede snitt. Dessuten én skanner med lavere hastighet og kapasitet som kan brukes til fluorescensfargede snitt og storsnitt.

Inne på «skannerrommet» viser Andersen fram nyanskaffelsene. Han finner fram en kassett med snitt og setter den inn i maskinen. Nå skal det ta et par minutter før bildet begynner å materialisere seg på skjermen, forklarer han. Og ganske riktig; H-E-fargede celler åpenbarer seg - litt etter litt. Bildet er skarpt og klart.

- Det kan faktisk se ut som om det er blitt med en boble i denne skannen. Det fører til ekstra skannetid, sier Andersen mens han interessert studerer skjermen.

Han forteller at det er legene som på sikt tar ut den største gevinsten av digital patologi. De får lettere tilgang på snitt og de kan enkelt dele snitt med patologer i andre deler av landet - og verden. Til syvende og sist kan det føre til at pasientene får raskere og mer korrekt diagnose og behandling.

Lovord

Digitaliseringsprosjektet har høstet mange lovord. Da Bioingeniøren besøkte Stavanger universitetssykehus (SUS) i 2017 for å lage artikkel, fortalte bioingeniør og seksjonsleder Ivar Skaland om en pilot som sjekket om digital patologi ga riktige diagnoser. Rundt 1000 prøver ble undersøkt med både ny og gammel metode; overensstemmelsen var 100 prosent.
Andersen har også gode tall å vise til.

- Resultater fra en utprøving i mars 2018 tyder på at det sjeldent var problemer med selve skanningen og at bildene ble bra i de aller fleste tilfellene. Av 603 snitt var det diverse mindre problemer med 32 av dem (fem prosent). Et av de hyppigste problemene var dekkglass som stakk ut. Det skjedde stort sett hvis den automatiske dekkmaskinen ikke var brukt.
Noen kritiske røster har det likevel vært. Patolog Ying Chen sa i samme artikkel fra 2017 at snittene må være bortimot perfekte for at patologene skal kunne gjøre en like god vurdering som med mikroskop.

Andersen er enig i at snittene må ha høy kvalitet for å få gode bilder. Plassering på glasset kan for eksempel være avgjørende. Og har snittet en brett og instrumentet fokuserer akkurat der bretten er, kan området rundt bli ute av fokus.

- Så lenge dette er noe alle er klar over, tror jeg ikke det blir noe stort problem. Det er mer snakk om en omstilling og en annen måte å tenke sluttresultatet på, mener han.

Gjenstridige etiketter

Nå vil Andersen vise fram et fluorescenssnitt. Skjermen fylles av knallgrønne nyanser og former.

- Glomerulusnøster i nyre, forklarer han. - Når vi skanner fluorescenssnitt av for eksempel hud og nyre, må alle innstillinger gjøres manuelt. Det tar tid, men det er morsomt arbeid, sier han.

En av de større utfordringene i arbeidsflyten er noe så banalt som å få etikettene til å fungere. Andersen forklarer at det tradisjonelt har vært brukt strekkodeetiketter (1D), men siden skanneren krever mye informasjon ble det ikke plass. Patologiavdelingen på St. Olavs hospital har derfor gått over til 2D datamatrix-etiketter som standard på alle objektglass.

- Det har krevd mye jobb og det fungerer bedre nå, men fremdeles er det noen problemer med spesialfargede snitt, forteller han.

MIB-1/Ki67-telling – manuelt vs. digitalt

Andersen har allerede gjort flere digitale utprøvinger. Han har blant annet testet ut om manuell og tidkrevende MIB-1/Ki67-telling (viktig i diagnostikken av brystkreft) kan erstattes av gratis fritt tilgjengelige digitale verktøy. 27 prøver fra brystkreft ble telt manuelt av to patologer. Så ble digital telling utført av bioingeniør og patolog med to forskjellige programvarer.

Resultatet var ingen signifikante forskjeller mellom den ene programvaren og manuell telling, mens den andre ikke holdt mål. Det var heller ikke signifikante forskjeller mellom digital telling utført av lege og bioingeniør.

- I framtida kan derfor bioingeniører hjelpe til med denne oppgaven. Det er mye utvikling innen digitale analyseverktøy, og jeg tror bioingeniører kommer til å ta mer del i slikt arbeid.

Dekkglass vs. film

Dekkglass og film er også sammenliknet. Leverandørene frister nemlig med at film både er hurtigere og billigere. Etter utprøvingen bestemte Andersen at glass fortsatt skal brukes på St. Olavs hospital.

- Filmen hadde lett for å bulke seg og gi en ujevn overflate – og det kunne dessuten danne seg en grå sky i kantene.

En tredje utprøving handlet om fluorescensskanning av hud- og nyrebiopsi. Konklusjonen var at kvaliteten på de skannede bildene var litt dårligere enn i mikroskop, men likevel god nok.

- Vi er blitt mye flinkere etter at utprøvingen ble gjort, så nå er de skannede fluorescensbildene enda bedre.

- Hvilket budskap har du til bioingeniørene der ute som skal i gang med digital patologi nå?

- Først og fremst at dette er positivt og at det gir oss bioingeniører nye arbeidsoppgaver. Det er bare å gripe muligheten.

- Og mikroskopet – kommer det til å forsvinne?

- Det kommer vel ikke akkurat til å forsvinne – men jeg tror bestemt at mange av dem kommer til å støve ned etterhvert.

Hele Helse-Midt er med

Alle patologiavdelingene i Helse Midt-Norge (Molde, Ålesund og St. Olavs hospital) går nå over til et felles labdatasystem.

- Så vi er bra rustet og vi er nesten klare for å gå fullt digitalt. Det siste vi mangler er å få filoverføringen fra skannerne til å gå i høy nok hastighet. Det er store datamengder det er snakk om her, så det er viktig at den går hurtig. Men når det er på plass, er vi klare, sier Martin Vejle Andersen.