Av SILJE NYSTED HAGEN, fagansvarlig bioingeniør preanalyse og GURO KRISTINE STØDLE, molekylærbiolog, Laboratoriemedisinsk avdeling, Nordlandssykehuset HF.
På Nordlandssykehuset analyseres prøver til covid-19 primært med en kommersiell test som påviser tre gener i SARS-CoV-2; N-genet, RdRp-genet og E-genet. For å begrense bruk av reagenser og plast har vi valgt å analysere prøver fra teststasjonen for ansatte i pool med fire prøver, et nyttig verktøy siden de fleste prøvene er forventet negative. De gangene vi har positivt funn i en pool analyseres de fire enkeltprøvene separat, og funnet bekreftes som oftest i én av enkeltprøvene.
Hemming var ikke årsaken
Fra produsent var det opplyst at alle tre gener må detekteres for at resultatet skal tolkes som positivt. Tidlig i april analyserte vi en pool to ganger, og opplevde at to gener (RdRp- og N-genet) kom opp i første kjøring og kun ett gen (N-genet) ble detektert i andre kjøring. Ved separat testing av prøvene dukket alle tre genene opp i den ene prøven. Ved pooling av prøver er det en risiko for å miste svake positive resultater pga. fortynning, i vårt tilfelle 1:4. Vi valgte derfor å undersøke denne poolen nærmere.
Vi laget tre pooler med to prøver i hver; den ene positive prøven kombinert med hver av de tre negative prøvene. Målet var å utelukke at hemming i prøvematerialet fra en av de tre negative prøvene var årsaken til at ikke alle tre genene ble oppkopiert i poolen. Hemming var ikke årsaken.
Ulik deteksjonsgrense?
I den positive enkeltprøven kom E-genet opp med Ct-verdi 33.5. I pool med én negativ prøve (1:2 fortynning) var Ct-verdien 35, før E-genet forsvant med en kombinasjon av fire prøver (1:4 fortynning). Var årsaken til de mystiske resultatene at vi ved en Ct-verdi på rundt 35 nærmer oss deteksjonsgrensen for E-genet, og at de tre genene har ulik deteksjonsgrense? Vi konkluderte med det, men har ikke før i nyere tid fått bekreftet dette. I slutten av mai mottok vi endelig en kvantitativ SARS-CoV-2 kontroll, og fikk kjørt fortynningskurver med kvantitativt materiale. Deteksjonsgrense for hvert målgen er nå bestemt, og vi har bedre kjennskap til hvilken Ct som er grenseverdi for sikkert resultat. For E-genet er denne verdien Ct=34,98. Det stemmer med resultatene vi observerte i «den mystiske pool».
Nødvendigheten av pool vurderes kontinuerlig
Erfaringen med «den mystiske pool» fortalte oss at vi ikke burde kombinere mer enn fire prøver i en pool, da fortynningen er tilstrekkelig til at vi kan miste svake positive resultater. Vi har også en «in-house» PCR for kun E-genet som vi bruker ved behov. Hadde vi analysert den originale poolen med den, ville den antagelig blitt negativ. Vi analyserer derfor ikke pooler med prøver på vår «in-house» PCR. Prøver fra ansatte ved spesielt utsatte avdelinger pooles ikke, og nødvendigheten av å analysere i pool for å spare reagens og plast vurderes kontinuerlig.
