Undervisning i Neste generasjons sekvensering gjør oss godt rustet for å møte fremtiden

DNA

Kunnskap om Neste Generasjons Sekvensering (NGS) er viktig for kommende bioingeniører, mener artikkelforfatterne. Illustrasjon: iStockphoto

Studenten

Undervisning i Neste generasjons sekvensering gjør oss godt rustet for å møte fremtiden

Ved HiOA lærer studentene Neste generasjons sekvensering (NGS). Noe av opplæringen skjer på skolen, noe på sykehus. Studentene er fornøyde med at de får lære det aller nyeste innen molekylær genetikk. De er dermed godt rustet til den arbeidshverdagen som venter dem, mener våre studentspaltister.

Publisert

Endret

Noe av det første vi lærer som bioingeniørstudenter er at en bioingeniør er en generalist. Vi skal utdannes og klargjøres til noe som føles som et grenseløst utvalg av ulike laboratorier.

NGS på fagplanen

På HiOA har vi i år Neste generasjons sekvensering (NGS) i fagplanen. Hege Tunsjø har tatt over som fagkoordinator i 3. årsfaget Molekylær genetikk, og dette er en av de mange endringene hun har gjort i prosessen med å fornye emnet (vi har vært så heldige å være blant de første til å ta i bruk dette i opplæringen vår). Tanken er at siden disse analysemetodene gjør et stadig raskere inntog i den kliniske diagnostikken, blir behovet for en bioingeniørs kjennskap til analysene stadig viktigere.

Vite, forstå - og mestre

Det kan fort bli overveldende mengder informasjon for oss studenter. Mye kunnskap skal inn på tre år, og ikke minst er det en rekke ferdigheter som skal beherskes.

Kurset er derfor lagt opp med mye “hands on”-arbeid. Vi skal ikke bare vite og forstå, men også mestre. Dyktige og ikke minst engasjerte fagpersoner, både på HiOA og Ahus, ga oss innsikt i metodene. Vi fulgte DNA-sekvensen vår gjennom nesten hele prosessen, og fikk selv pipettere de ørsmå volumene. Vi brukte ferdig isolert DNA fra urinprøver og lagde selv PCR-mix på templatfri lab. Dette ble etterfulgt med amplifisering og indeksering, og de samlede prøvene ble vasket. Etter arbeidet på skolen ble prøvene sendt til Ahus for selve sekvenseringen, og vi avsluttet kurset med en oppsummering der.

...genetiske undersøkelser som tar flere døgn å kjøre er spesielt sårbare om noe går galt.

Dessverre knakk selve flowcellen da prøvene skulle analyseres. Lysglimtene fra sekvenseringsmaskinen uteble, og svarene var ikke klare til oppsummeringen. Det var likevel en opplysende opplevelse. Det var en verdifull erfaring at alt ikke nødvendigvis går etter planen, og at genetiske undersøkelser som tar flere døgn å kjøre kanskje er spesielt sårbare om noe går galt.

Nanoteknologi neste?

Genetiske metoder er ikke lenger bare for de spesielt interesserte forskerne; bioingeniører kommer i stadig mer kontakt med disse instrumentene. Som studenter har det vært spennende og interessant å løfte tåken av mystikk rundt NGS. Analyseinstrumenter og reagenser blir billigere, samtidig som metodene blir bedre og raskere. Massiv parallell sekvensering kan kjøre hundrevis av prøver samtidig. Vi blir ofte fortalt at skreddersydd medisin er fremtiden, og vi ser for oss at mer tilgjengelig NGS vil bidra til denne utviklingen. Flere tiår med teknologisk utvikling innen genetisk sekvensering har ledet den dit den er i dag, men ser ikke ut til å stoppe der. NGS er allerede i fare for å bli erstattet av nye og bedre metoder. Vi fikk selv se håndholdte analysemaskiner uten behov for PCR. Disse regnes som den tredje generasjonen av sekvensering og tar i bruk nanoteknologi. Fremtiden lar ikke vente på seg.

Bra at studentene blir kjent med ny teknologi

Det er flott å se at utdanningsinstitusjoner tar i bruk ny teknologi som er på vei inn, og ikke bare holder seg til godt etablerte metoder. Slik blir vi best mulig rustet til den hverdagen som venter på oss. Som fremtidige bioingeniører har vi godt av å kjenne til arbeidet med NGS.

Interessert i mer om genetikk? Les om bioingeniørene som jobber for ett av verdens mest kjente genetikkfirmaer.

Henger vi med på utviklingen? Les mer om det her:

Klarer politikerne å ta innover seg hva revolusjonen innen genetikk betyr?

Vil du vite alt om ditt ufødte barn?

Tema: NIPT

Stikkord:

Bioingeniørstudent, Genetikk, Høgskolen i Oslo og Akershus, Utdanning